Ondrechen教授的研究小组专门从事理论和计算化学、计算生物学。感兴趣的领域包括:1)了解酶催化的基本依据;2)功能基因组学-预测基因产物的功能角色(蛋白质);3)es交互的建模;4)药物发现;5)生物信息学;和6)蛋白质工程。
与人类基因组的测序和感兴趣的成千上万的物种的基因组,结构基因组学(SG)项目已经报告了15000新蛋白质结构。接下来的问题是:这些结构实际上做什么?Ondrechen教授在美国国家科学基金会的支持下,集团正在开发方法来预测蛋白质功能结构。我们的主题(见Ondrechen et al ., Proc。国家的。学会科学。美国98年、12473年、2001年)和池(看通,魏,莫加,Ondrechen和威廉姆斯,PLoS计算生物学,2009)方法预测残留参与生化功能,只需要查询的结构蛋白,从而为蛋白质,工作毫无相似之处以前描述的蛋白质。我们莎莎(见王,阴,et al . BMC生物信息学,14日,85:向,2013)和GRASP-Func(米尔斯,加戈,et al .蛋白质科学27,1125 - 1135,2018)方法使用这些预测功能残留确定生化功能。
另一个当前项目探讨了多层酶活性位点的性质——我们能够预测什么时候远程氨基酸残基参与催化。我们工作合作教授一分钱Beuning验证我们的预测与多层活跃的网站。这是一个非常重要的酶的设计问题。
药物化学的许多非常活跃的项目在这个部门,Ondrechen集团还提供了计算协作为多个不同的药物发现的努力。我们当前的项目之一,与教授琼脂和Manetsch ALS协会资助的,寻求一个新的肌萎缩性脊髓侧索硬化症的治疗方法。另一个当前项目是识别和描述制药网站SARS-COV-2蛋白质,这部小说冠状病毒。