乔纳森·l·蒂利博士
大学特聘教授兼主席
Mugar生命科学大楼134号
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617.373.3724(传真)
gradbio@northeastern.edu
生物学博士课程强调研究生和教师之间的密切互动,培养创造性独立研究所需的智力和实验技能。核心生物学课程的严格课程,以及特定研究兴趣的高级课程,辅以在教师监督下完成论文的密集研究。学生有机会申报细胞和分子生物学或分子微生物学的浓度。
生物学系负责生物信息学硕士课程。跨学科课程提供生物学、计算机科学和信息技术方面的跨学科培训,为学生在生物技术和制药行业的前沿工作做好准备。该课程由四部分组成:基础课程、核心课程、合作课程和选修课。
生物信息学研究生证书为在研究,医疗保健和制药行业工作的专业人员提供了在当前实践中使用生物信息学算法和技术来解决生物问题的能力。它还为希望转行的人提供了在生物和制药行业更具竞争力所需的数据和基因组分析技能。
生物信息学和化学信息学证书侧重于理解从生物系统到化学信息学(或化学信息学)的各种数据集。生物信息学的重点是存储、索引、搜索、检索和应用生物分子信息,如基因组学。化学信息学的重点是存储、索引、搜索、检索和应用有关化合物的信息。
组学研究生证书为学生提供了详细探索推动预后、诊断和治疗进步的关键基因组技术和计算方法的机会,学习科学家如何测序、组装和分析基因组的功能和结构。该证书探索了通过研究更大的人群来确定特征和疾病的方法,以及基因鉴定如何帮助确定治疗干预的目标。已经在该领域或有兴趣的学生将从这样的证书中受益良多。
生物信息学课程
BINF 5964。专业人士项目。(0小时)
为学生提供一个应用项目,在其中应用他们的课程学习。与赞助商合作,学生完善应用研究主题,进行研究,提出与合作赞助商共享的建议,并创建实施他们的建议的计划。旨在使学生受益的课程,支持发展关键的商业沟通技能,项目和客户管理技能,以及商业分析框架。为学生提供一个机会,从赞助商的反馈中学习,回顾“吸取的教训”,并从这次审查中吸取建议,以改善和进一步发展他们的职业发展和职业规划。可以重复两次。
BINF 5976。直接研究。(1 - 4小时)
在部门成员的指导下就选定的主题独立工作。课程内容取决于讲师。可以重复两次。
BINF 6200。生物信息学编程。(4小时)
专注于生物信息学行业所需的基本编程技能。重点介绍Python和R作为主要的编程语言。主题包括字符串操作、文件操作、正则表达式、面向对象编程、数据结构、测试、程序设计和实现。包括大量的课外作业。
先决条件:BINF 6308(可同时修读)最低成绩为C-
BINF 6201。使用RNA测序的生物信息学简介。(4小时)
介绍RNA-Seq,一种常用的分析基因表达的方法。为学生提供一个获得处理和分析高通量测序数据的实际经验的机会,以及接触NGS和RNA-Seq过程、应用和术语。
BINF 6308。生物信息学计算方法(4小时)
提供计算机在生物信息学研究中使用的两个学期序列的第一学期。为学生提供一个机会,与当前的方法和计算算法在当代序列分析中使用。教授管理和挖掘公共数据库中产生和保存的大量生物信息所需的实用技能。强调使用Python作为主要的计算机语言,要求学生学习和理解基本的计算机逻辑和语法,包括对标量、数组、哈希、决策语句、循环、子例程、引用和正则表达式的介绍。重点是基本技能,包括Linux操作系统中的命令行界面,旨在为学生第二学期的应用做准备。
BINF 6309。生物信息学计算方法(4小时)
的核心主题为基础BINF 6308即使用计算机作为生物信息学研究的工具。建立在第一学期涵盖的Python语言基础之上,但要求学生将这些基础知识应用到一个学期的项目中。该项目包括蛋白质家族分析、多序列分析、系统发育和蛋白质结构分析。此外,学生有机会学习构建、加载、连接和查询自定义MySQL数据库,以及解析命令行标志。
先决条件:BINF 6308最低成绩为C-或BINF 6308最低等级为C-或BIOL 6308最低等级为C-
BINF 6400。生物信息学中的基因组学。(4小时)
介绍基因组学领域。随着几年前人类基因组计划的完成,收集到的基因数据呈爆炸式增长。重点研究分析大规模基因组数据所必需的生物信息学工具。涵盖主题,如系统发育树,分子进化,基因表达谱,异质基因组数据,以及下一代测序(NGS)数据。
先决条件:BINF 6308最低成绩为C-;BINF 6309最低成绩为C-
BINF 6410。生物信息学中的蛋白质组学。(4小时)
介绍蛋白质质谱分析和当今最先进的仪器。蛋白质组学数据已经成为生物制药表征和批准过程中不可或缺的一部分。主题包括当前用于分析原始数据的生物信息学工具,蛋白质鉴定,翻译后修饰,靶向蛋白质组学和定量蛋白质组学。包括免费的生物信息学工具,如NCBI, UniProt和ExPASy。
BINF 6420。生物信息学中的组学。(4小时)
关注基因组学和蛋白质组学之外的一些组学,与现有的用于分析数据的生物信息学工具有关。提供每个研究领域的简要背景,然后重点介绍目前使用的生物信息学工具。主题包括转录组学(转录和基因表达)、代谢组学(代谢)、糖组学(碳水化合物)、脂组学(脂类)和表型组学(表型数据)。不包括基因组学和蛋白质组学。
BINF 6500。合作社的专业发展。(0小时)
介绍合作办学方案。为学生提供一个发展求职和职业管理技能的机会;评估他们的工作技能、兴趣和价值观,并讨论它们如何影响个人的职业选择;准备专业resumé;学习正确的面试技巧。探索职业道路,选择,职业行为,工作文化和职业决策。
BINF 6900。Pre-Co-op经验。(0小时)
为学生提供一个获得必要技能和实践经验的机会,为研究生合作教育做准备。
BINF 6954。合作工作经验-半工半读。(0小时)
为符合条件的学生提供工作经验的机会。可无限重复。
BINF 6964。合作工作经验。(0小时)
为符合条件的学生提供工作经验的机会。可无限重复。
BINF 6965。国外合作工作经历。(0小时)
为符合条件的学生提供出国工作经验的机会。可无限重复。
BINF 7385。生物信息学研讨会。(2小时)
讨论生物信息学的当前问题和研究课题。要求学生做报告。可无限重复。
生物学课程
杂志5100年。生物学讨论会。(1小时)
提供了一系列的座谈会在生物学研究邀请专家对当前的主题。可无限重复。
杂志5301年。临床胚胎。(4小时)
旨在使学生熟悉与人类受精和早期胚胎发生相关的核心生物学过程,强调临床相关性。涵盖女性生育和胚胎发育的基本方面,包括卵泡生长和排卵的激素控制,受精,着床前胚胎发育,着床和着床后胚胎发育通过原肠形成。检查当前参数,以确定卵子和胚胎的质量。此外,讨论发展干细胞为基础的策略治疗女性生殖失败。
先决条件:杂志2301年最低成绩为D或研究生课程录取
杂志5303年。临床胚胎学2。(4小时)
扩展材料和概念从杂志5301年通过使学生熟悉器官系统的发展,最终与胎儿期结束和出生。检查基本方面的发展为每个主要器官系统,包括皮毛,骨骼和肌肉系统;肢体发展;神经系统;神经嵴发育;感觉器官;头颈部、消化系统和泌尿生殖系统;还有心血管系统。评估确定胎儿发育进展的参数。
先决条件:杂志5301年最低成绩为D或研究生课程录取
杂志5307年。生物电子显微镜。(4小时)
介绍了应用于生物材料的电子显微镜技术。讨论标本的准备,固定,薄切片,染色,显微镜的操作,摄影技术,和电子显微照片的解释。需要学生研讨会和项目。
并修课程(s):杂志5308年
杂志5308年。BIOL 5307实验室。(1小时)
专为研究生和高级本科生,没有正式培训的电子显微镜。为学生提供一个机会,获得透射和扫描电子显微镜的全面工作知识,让每个学生通过生产电子显微镜来处理活体组织标本。这包括标准的标本制备方案,包括固定、包埋、超微切片、染色、临界点干燥和溅射涂层,以及最先进的电子显微镜设备的独立操作。
并修课程(s):杂志5307年
杂志5541年。内分泌学。(4小时)
探讨生理系统的内分泌调节,强调当前的研究。讲座提供背景知识,然后是主要文献分析和案例研究。主题包括生长、繁殖、养分利用、压力和环境内分泌干扰。强调人类,但也包括其他动物的资料,包括无脊椎动物。
先决条件:BIOL 2319最低等级为D-或BIOL 2323最低等级为D-或杂志3405年最低成绩为D-或杂志3611年最低成绩为D-或杂志4707年最低成绩为D或研究生课程录取
杂志5543年。干细胞和再生。(4小时)
探索胚胎、成体和诱导多能干细胞的生物学基础,以理解它们在发育、稳态和再生中的作用,以及它们的治疗潜力。干细胞的研究是生物学和生物医学的一个快速发展的领域。虽然干细胞的生物学基础是一个主要的焦点,该课程的目的是把这些知识纳入生物医学的背景。
先决条件:杂志2301年最低成绩为D或研究生课程录取
杂志5569年。先进的微生物。(4小时)
重点研究微生物如何发展、交换和调节基因,并在各种环境中生存。强调实验设计和证明,特别是与遗传交换、基因调控、单细胞和多细胞发育以及细胞-细胞通信相关的实验。
先决条件:BIOL 2321,最低成绩为D-或BIOL 2323,最低成绩为D-或研究生课程录取
杂志5573年。医学微生物学。(4小时)
强调宿主-寄生虫相互作用:毒性、毒素、自然菌群和免疫反应;人类常见细菌、立克次体和原生动物感染的特征;流行病学,病理学,疫苗和化疗。
先决条件:杂志2301年最低成绩为D或研究生课程录取
杂志5581年。生物成像。(4小时)
阐述了成像原理和技术及其在生物学问题中的应用。主题各不相同,可能包括细胞和神经生物学、生态学和生物化学等领域的微观和宏观方法。
先决条件:杂志2301年最低成绩为D或研究生课程录取
杂志5583年。免疫学。(4小时)
提供结构和功能的基因,蛋白质,和细胞参与产生免疫反应的概述。重点是分子免疫学和免疫遗传学。
先决条件:BIOL 2323,最低等级为D-或杂志3611年最低成绩为D或研究生课程录取
杂志5587年。比较神经生物学。(4小时)
介绍了神经系统的结构和功能的细胞方法。主题包括神经元解剖学,神经系统的系统发育,膜传导的电生理学,突触传递,神经细胞的整合,神经元网络,感觉系统,运动系统,感觉-运动整合,神经元连接的发育和再生,以及生物医学神经技术的基础。重点从主要的研究文献发展这些概念。一个学期项目包括为一个假想的动物设计一个简单的神经系统。
属性(s):NUpath Creative Express/Innov
杂志5591年。先进的基因组学。(4小时)
适合那些熟悉遗传学、分子和细胞生物学以及生物化学基础知识的人,所有这些都需要欣赏现代基因组方法的美丽、力量和重要性。介绍最新的测序方法、阵列技术、基因组数据库、全基因组分析、功能基因组学等。
先决条件:杂志2301年最低成绩为D或研究生课程录取
杂志5593年。衰老细胞与分子生物学“,”(4小时)
涵盖了最近的科学发现,这些发现改变了我们对衰老过程的理解。深入检查目前的分子机制,控制寿命的模式生物,包括酵母,蠕虫,苍蝇,和老鼠的理解。讨论饮食干预和药理学方法,延长寿命和延迟年龄相关疾病的发作。涵盖老化新科学在改善人类健康方面的潜在应用。要求学生阅读、讨论、展示和报告文献中的主要研究论文。
先决条件:杂志2301年最低成绩为D或研究生课程录取
属性(s):NUpath写作密集型
杂志5595年。细胞与分子神经科学。(4小时)
结合分子生物学,细胞生物学,药理学和遗传学来解决神经元和神经元网络的基本分子特性。在神经系统中,控制细胞间交流的原理是由它们的分子成分决定的。分子图景定义了单个神经元的特性和神经元网络作为一个整体的功能。重点研究通过离子通道和受体功能的神经元信号,突触传递和轴突传递等超分子机制,以及生物网络和信息神经编码的分子机制。使用分子网络的基本理解作为框架,以探索神经疾病和障碍的机制。讨论目前的治疗和治疗依赖于通过分子相互作用调节神经元信号。
先决条件:(杂志2301年最低成绩为D-;(3458年心理学最低成绩为D-或杂志3405年最低成绩为D-))或研究生课程录取
杂志5597年。癌症和传染病免疫疗法“,”(4小时)
描述了癌症免疫疗法的基本原理和目前的希望和失望。提供肿瘤和抗肿瘤杀伤细胞之间的主要屏障的历史概述。讲座的统一焦点是免疫和生理负调控因子的作用,即抗肿瘤免疫反应的“制动器”。本课程的一个重要部分致力于对过去三十年的免疫学和生化研究进行回顾性评估,最终确定了“肿瘤防御操作的首席”,即肿瘤微环境中的缺氧-腺苷能通路。
先决条件:杂志2301年最低成绩为D或研究生课程录取
杂志5599年。生物学数据管理与同行评审原则“,”(4小时)
本课程旨在使学生在学术环境中熟悉数据管理的各个方面的基础知识。主题包括数据采集、文档和存储、知识产权和专利、所有权转让、利益冲突的识别以及稿件和拨款提交的同行评审过程。负责任的研究行为(RCR)培训是本课程的重要组成部分。为学生提供一个机会,熟悉并完成使用国家认可的标准认证的基础培训,包括与数据管理有关的RCR培训。学生分析专利准备和手稿,并授予同行评审。此外,学生参加一个学习小组的审查。
先决条件:杂志4701年最低成绩为D-
杂志5601年。运动控制的多学科方法。(4小时)
研究人类运动控制领域,或运动神经科学。为学生提供一个机会,以获得获得和控制感觉运动行为的过程的基本理解。系统方法连接了各种学科,从神经生理学到工程学,再到神经康复。回顾了选择的方法,重点是运动学习。侧重于早期的行为方法,最近的神经生理学和成像方法,以及康复。讨论选定的代表性论文,包括影响深远的历史论文和反映当前领域讨论的最新研究。
杂志6299年。生物技术分子细胞生物学“,”(3小时)
整合生物化学和分子生物学在细胞背景下。包括基因组的组织和复制,遗传操作的原理和方法,基因表达的调控,以及细胞器的结构和功能。强调蛋白质合成,包括翻译,翻译后修饰,和易位的蛋白质在细胞和分泌。
杂志6300年。生物化学。(4小时)
研究生物分子的结构和功能,重点是蛋白质;酶催化;细胞代谢,重点是生物能学和碳水化合物/脂类。
杂志6301年。分子细胞生物学。(4小时)
整合生物化学和分子生物学在细胞背景下。强调基因组的组织和复制,基因表达的调控,细胞器的结构和功能,以及信号转导的机制。
先决条件:杂志6300年最低成绩为C-
杂志6303年。神经生物学和行为学。(4小时)
提供讲座课程,旨在提供行为神经生物学的全面概述,特别强调神经行为学的方法。在课程结束时,成功的学生应该对行为科学的历史发展,主要的行为学和神经生物学概念,以及管理动物和人类行为的主要机制有当代的理解。对于非生物信息学、生物学或海洋生物学专业的学生,需要导师的许可。
杂志6381年。“生物学研究中的伦理学”。(2小时)
讨论与生物科学研究相关的伦理问题。要求学生做报告。
杂志6401年。分子细胞生物学研究方法与关键分析“,”(4小时)
包括生物化学和细胞生物学的方法,以了解细胞的结构和功能,包括膜,细胞器,囊泡运输,细胞骨架,细胞周期和信号。结构化的活动整合了最近发表的文献和方法的批判性分析。为学生提供一个为分子细胞生物学专业实践做准备的机会。非生物系学生须经导师同意。
杂志6405年。原核细胞与分子生物学“,”(4小时)
提供关于原核系统中基本重要的细胞过程的深入讨论,如复制,转录和翻译,以及相应的调节机制。还讨论了基因调控和细菌发病机制的分子机制,使用选择的例子和机制的原核细胞信号,先进的和高通量技术用于原核分子和细胞生物学。
杂志6407年。分子生物学家的生物化学。(4小时)
专注于分子生物学,分子遗传学和生物化学之间的界面。专注于分子生物学家在研究中可能发现的生化问题。包括原核生物和真核生物(只要可用)系统的例子。所有主题都讨论了实验方法。旨在通过阅读和讨论主要文献,使学生对生物系统的概念有深刻的理解。
杂志6962年。选择性。(1 - 4小时)
为在其他学术机构学习的课程提供选修学分。可无限重复。
杂志7399年。研究问题解决,道德和沟通技巧。(4小时)
侧重于研究解决问题的技能,包括假设的制定;实验设计、执行和分析;还有研究伦理。提供科学写作指导,包括日常记录,资助和论文,以及口头沟通技巧。讨论统计数据的使用和滥用,并讨论对公众的责任。非生物系学生须经导师许可。
杂志7962年。选择性。(1 - 4小时)
为在其他学术机构学习的课程提供选修学分。可无限重复。
杂志7986年。研究。(0小时)
为学生提供在教师监督下进行全职研究的机会。
杂志7990年。论文。(1 - 4小时)
提供论文指导,由部门成员。可无限重复。
杂志7996年。论文延续。(0小时)
由部门成员提供持续的论文监督。
杂志8420年。生物实验室轮岗(4小时)
提供在教师研究实验室进行生物研究的经验。仅适用于尚未选择实验室进行论文/论文工作的学生。
杂志8960年。考试Preparation-Doctoral。(0小时)
为学生提供在教师监督下准备博士资格考试的机会。
杂志8982年。读数。(1 - 4小时)
提供学生和教师感兴趣的当前文献阅读。可无限重复。
杂志8984年。研究。(1 - 4小时)
侧重于研究方法及其在研究生教师指导下对特定问题的应用。可无限重复。
杂志8986年。研究。(0小时)
为学生提供进行全职研究的机会。可无限重复。
杂志9000年。获得博士学位。(0小时)
顺利完成博士综合考试。
杂志9984年。研究。(1 - 4小时)
侧重于研究方法及其在研究生教师指导下对特定问题的应用。可无限重复。