研究文章评论文章评论的角度来看教育书的章节

研究的文章(按主题视图)

2022年

[60]r . v . r·迪亚斯c·t·a·费雷拉·a·詹宁斯p c .美国华福l . c . de Oliveira。埋头alphaC螺旋:计算分析的构象转变的关键地区。期刊。化学。BDOI:10.1021 / acs.jpcb.2c05408,2022年。

a [59] y . Wang Wang,莫汉蒂^,p . c .美国华福^。精确的空间特性控制氨酰住宿核糖体。期刊。化学。B。2022年手稿

[58]a·哈桑·p·c·美国华福^。识别策略实验探测多维动态的核糖体。期刊。化学。B2022年。手稿

[57]a·哈桑·s . Byju f . c . Freitas c .民国n .潘德k .阮e·m·金布罗j . Mattingly r·l·冈萨雷斯小r·j·奥利维拉c·m·邓纳姆p c .美国华福^。棘轮、旋转、倾斜和辊:核糖体亚基的完整描述旋转。核酸的研究DOI:10.1093 / nar / gkac1211

[56]c . Markosian d . i Staquicini p .多格拉人e . Dodero-Rojas f·h·f·唐、t·l·史密斯,v . g . Contessoto s . k .切除z . Wang诉Cristini, p . c, s . k .烟草j . n . Onuchic r . Pasqualini w . Arap。环球的SARS-CoV-2突起蛋白基因和结构分析抗原决定基的选择。分子生物学与进化,2022年手稿

[55]a·b·奥利维拉Jr v . g . Contessoto a·哈桑·s . Byju a, y, e . Dodero-Rojas莫汉蒂,j·k·诺尔^,j . n . Onuchic ^, p . c .美国华福^。烟雾2和OpenSMOG:扩展的基于结构的模型。蛋白质科学,2022年。手稿

[54]a, m .利未,莫汉蒂^,p . c .美国华福^。扩散离子坐标动力学的核糖核蛋白组装。美国化学学会杂志》上,2022年手稿

[53]诉m·奥利维拉·m·m·g·迪亚斯·t·m·韦利诺n . b . Videira f·b·达·席尔瓦·t·r·Doratioto p c .美国华福v b·p·雷特a . c . m . Figueira。pH值和乳腺癌复发性突变D538G影响激活雌激素受体α的过程。生物化学,2022年手稿

2021年

[52]e . Dodero-Rojas j . n . Onuchic ^, p . c .美国华福^。Sterically-confined SARS-CoV-2飙升的重组蛋白控制细胞入侵。eLife10 e70362 2021。手稿
eLife新闻稿
大米的新闻稿

[51]d . i Staquicini f·h·f·唐、c . Markosian v . j .姚明,f i Staquicini e . Dodero-Rojas v . g . Contessoto d·戴维斯,p . O ' brien n .哈比卜·t·L。史密斯,n . Bruiners r . l . Sidman m . l .热内罗e . c . Lattime s . k .切除p c, s . k .烟草j . n . Onuchic w··阿拉普·r·Pasqualini。设计和概念验证目标phage-based COVID-19疫苗接种战略与流线型cold-free供应链。PNAS。2021年手稿
大米的新闻稿
罗格斯大学的新闻稿
东北的新闻稿
NSF新闻稿
NSF发现文件部分

[50]f·坎波斯Freitas g·福克斯,r . j . de Oliveira p c .美国华福^。在真核核糖体亚基的动态旋转。Biophysica,204 - 221年,2021年。手稿

2020年

[49]m·李维k . Walak莫汉蒂,p . c . a . Wang美国华福^。空间门控制P / E混合形成的tRNA核糖体。自然通讯2020年手稿

[48]p c .美国华福^ w·江Serwer页。模拟噬菌体T7衣壳扩张揭示分子空间动力学的作用。病毒2020年。手稿

[47]e .霍夫尔s, s .萨尼塔,t . Maehigashi R.L.小冈萨雷斯,p . c .美国华福蔡玫邓纳姆。结构洞察mRNA阅读框监管tRNA修改和滑codon-anticodon配对。eLife2020年。手稿

[46]p . Bandarkar h·杨,r . y .亨利m . Wanunu ^, p . c .美国华福^。纳米孔易位实验如何衡量RNA展开。生物物理期刊2020年。手稿

[45]l . Ngu, j . n的冬天,k .阮k·e·拉莫斯n . a . DeLateur l .马克维斯奇p c .美国华福m . j . Ondrechen p . j . Beuning。探测远程残留重要的催化作用大肠杆菌鸟氨酸transcarbamoylase。《公共科学图书馆•综合》15,2020年e0228487。手稿

2019年

[44]a·b·奥利维拉Jr h·杨,p . c .美国华福v b·p·雷特。生物分子通路和mestable国家区分开来。j .化学。理论第一版15,6482 - 6490年,2019年。手稿

[43]f . c . Freitas a . n .利马诉d.G Contessoto, p . c .美国华福r . j . de Oliveira。Drift-diffusion (DrDiff)框架确定的动力学和热力学两折叠轨迹和曲调扩散模型。j .化学。理论物理手稿

[42]h·杨,p . Bandarkar r·霍恩V.B.P雷特,j .夏英,P . c .美国华福^。内扩散的tRNA核糖体是位置相关。j .化学。理论物理手稿

[41]m·李维p c .美国华福^。解剖核糖体亚基旋转的能量。期刊。化学。B。DOI: 10.1021 / acs.jpcb.9b00178手稿

2018年

[40]h·杨,j .毕雷矿泉水,p . c .美国华福^。障碍指南域rearrangment EF-Tu。蛋白质:结构、功能、生物信息学。86、1037 - 1046、2018。手稿

2017年

[39]m·李维k .阮l . Dukaye p c .美国华福^。之间的关系量化单分子探测和核糖体亚基旋转。生物物理期刊,113,2777 - 2786年,2017年。手稿

[38]h·杨,j·k·诺埃尔,p . c .美国华福^。各向异性波动核糖体确定tRNA动力学。物理化学学报B,121,10593 - 10601年,2017年。手稿

[37]p . Waduge r·胡p . Bandarkar h .山崎b . Cressiot问:赵,p C美国华福^和m . Wanunu ^。纳米孔测量的蛋白质大小、波动和构象变化。ACS Nano11 5706 - 5716 2017。手稿

[36]k阮,h·杨,p . c .美国华福^。核糖体网站手指如何导致tRNA生物动力学。物理化学学报B,121,2767 - 2775年,2017年。手稿

2016年

[35]j·k·诺埃尔,p . c .美国华福^。EF-Tu如何有助于有效的校对aa-tRNA核糖体。自然通讯7、13314、2016。手稿

[34]k .阮p c .美国华福^。捕捉核糖体tRNA的混合状态形成的过渡状态。物理化学学报B120、8768 - 8775、2016。手稿

[33]j·k·诺尔^,m·李维m . Raghunathan h·拉默特·r·l·海耶斯,j . n . Onuchic ^, p . c .美国华福^。烟雾2:通用软件包生成基于结构模型。PLOS计算生物学。12 e1004794 2016。手稿

[32]k .阮p c .美国华福^。空间相互作用导致集体倾斜运动在核糖体mRNA-tRNA易位。自然通讯。7、10586、2016。手稿

2015年

[31]r·海耶斯,j·k·诺埃尔,a . Mandic p c .美国华福刘贤Sanbonmatsu,莫汉蒂,j . n . Onuchic。广义曼宁凝结模型抓住了RNA离子的气氛。理论物理。启。114、258105、2015。

[30]j·杰克逊,k .阮p c .美国华福^。探索在蛋白质和RNA折叠和功能之间的平衡。Int。j .摩尔。科学。16,6868 - 6889年,2015年。手稿

2014年

[29]j·k·诺埃尔,j .夏英v b·p·雷特p c .美国华福^。捕捉过渡路径和核糖体的构象重组过渡状态。Biophys。J107、2881 - 2890、2014。修正

林[28]x: r·艾迪j·k·诺尔,p . c .美国华福问:王,j . Ma j . n . Onuchic。有序和无序控制流感病毒血凝素的功能重组。Proc, Nat。学会科学。美国DOI: www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1412849111

[27]r·l·海耶斯j·k·诺埃尔,p . c,莫汉蒂,刘贤美Sanbonmatsu, j . n . Onuchic。减少模型捕获毫克2 +riboswitches rna相互作用自由能。生物物理期刊上。106年,1508,2014。

2013年

[26]p c .美国华福^ s c·布兰查德·j·h·d·凯特刘贤Sanbonmatsu。连接的动力学和能源格局tRNA易位核糖体。公共科学图书馆Comp。杂志。9,2013年e1003003。

[25]p c .美国华福^刘贤Sanbonmatsu ^。模拟运动期间通过核糖体tRNA运动的混合状态的形成。j .化学。理论物理。139年,121919,2013。

2012(加入ν教员9/12)

[24]王j . r . j·奥利维拉,x, p . c .美国华福j .夏英w·汉e . Wang j . n . Onuchic v b p·雷特。Topopgraphy注入景观决定了蛋白质折叠的热力学和动力学。Proc, Nat。学会科学。美国。109、15763 - 15768、2012。

[23]r·l·海耶斯j·k·诺埃尔,莫汉蒂,p . c, s . p . Hennelly j . n . Onuchic刘贤Sanbonmatsu。镁波动调节RNA动力学在SAM-1 riboswitch。j·阿。化学。Soc。,134、12043 - 12053、2012。

[22]·m·a . Jamros l . c . deOliveira p c .美国华福j . n . Onuchic j·a·亚当斯和p·a·詹宁斯。Substrate-specific重组的构象合奏埋头涉及小说模式的kinast函数。公共科学图书馆Comp医学杂志8 e1002695 2012。

[21]j·k·诺埃尔,p . c .美国华福和j . n . Onuchic。阴影法:通常适用于接触定义捕捉生物分子折叠动力学和功能。期刊。化学,116,8692 - 8702年,2012年。

[20]j·辛格,p . c, n . Hayre j . n . Onuchic和d·考克斯。大规模的朊蛋白的构象变化:使用dual-basin基于结构模型来找到错误折叠途径。蛋白质:结构体。函数。Bioinfo80、1299 - 1307、2012。

[19]a .艾哈迈德·p·c·福德,刘贤Sanbonmatsu和f .名叫阿玉。共识之间的灵活解释低温电子显微镜数据拟合的计算方法。j . Struct。医学杂志。177、561 - 570、2012。

2011年

[18]p c, a·艾哈迈德·y, s . p . Hennelly名叫阿玉,c . m . t . Spahn j . n . Onuchic刘贤美Sanbonmatsu。通过综合分子激发态的核糖体易位透露建模。Proc, Nat。学会科学。美国。108、18943 - 18948、2011。

[17]r . Nechushtai h·拉默特,d . Michaeli y Eizenberg-Domovish, j . a . Zuris m·a·卢卡·d·t·Capraro a .鱼,o . Shimshon m . Roy a . Schug p c .美国华福o . Livnah j . n . Onuchic和p·a·詹宁斯。铁氧还蛋白变构效应的蛋白质主题不涉及构象开关。Proc, Nat。学会科学。美国,108,2240 - 2245年,2011年。

2010年

[16]p c .美国华福^,j . n . Onuchic刘贤美Sanbonmatsu。连接能源景观和实验率氨酰住宿的核糖体。j·阿。化学。Soc。132、13170 - 13171、2010。(沟通)

[15]a . h . Ratje j .洛克a . Mikolajka m .布鲁纳·w·希尔德布兰德a . Starosta a . Doenhoefer s r·康奈尔·Fucini t . Mielke p c .美国华福j . n . Onuchic y延安,刘贤Sanbonmatsu, r·k·哈特曼p . a . Penczek d·n·威尔逊和c . m . t . Spahn。头旋转的核糖体促进通过intra-subunit tRNA混合网站易位。自然,468,713 - 716年,2010年。

[14]·m·a . Jamros l . c . deOliveira p c .美国华福j . n . Onuchic j·a·亚当斯·d·k·布卢门撒尔和p·a·詹宁斯。蛋白质在工作:结合粉煤灰和理论的确定涉及的多个结构蛋白激酶功能景观。生物。化学。,285,36121 - 36128年,2010年。

[13]j·k·诺埃尔,p . c .美国华福刘贤美Sanbonmatsu, j . n . Onuchic。在GROMACS SMOG@ctbp:简化部署基于结构模型。核酸的研究38(增刊。2),W657-W661, 2010年。

[12]p c, p . Geggier r·奥特曼s c·布兰查德j . n . Onuchic,刘贤美Sanbonmatsu。住宿的氨酰核糖体沿着多个通路包括可逆远足。核糖核酸。16,1196 - 1204年,2010年。

[11]r·j·奥利维拉* p c .美国华福*^j .夏英,j . n . Onuchic j . Wang和v b·p·雷特^。探索non-monotonic复杂行为的起源和非交互的影响在蛋白质折叠的扩散特性。Biophys。J。99、600 - 608、2010。

2009年

[10]p c, a . Schug j·桑德斯,s . p . Hennelly j . n . Onuchic,刘贤美Sanbonmatsu。外地螺旋的形成是理解的关键S-adenosylmethionine riboswitch函数。Biophys。J。96年,L7-9, 2009年。

[9]p c, j·k·诺埃尔,s . Gosavi a . Schug刘贤美Sanbonmatsu, j . n . Onuchic。一个所有原子基于结构的蛋白质潜力:桥接最小模型与所有原子经验力场。普罗特。结构体。函数。Bioinfo75、430 - 441、2009。

2008年

[8]s Gosavi p c .美国华福p·a·詹宁斯和j . n . Onuchic。提取函数从b-trefoil折叠图案。Proc, Nat。学会科学105、10384 - 10389、2008。

[7]p c, s . Gosavi和j . n . Onuchic。构象转换在腺苷酸激酶变构沟通减少misligation。生物。化学。283、2042 - 2048、2008。

2007年

[6]a . Schug p c .美国华福y . Levy, j . n . Onuchic。突变作为两个相互竞争的本土活板门rop-dimer的构象。Proc, Nat。学会科学。104、17674 - 17679、2007。

[5]p c .美国华福o . Miyashita y . Levy, j . n . Onuchic。腺苷酸激酶的构象转变:切换开裂。j·摩尔,杂志。366、1661 - 1671、2007。

[4]j·e·米尔斯,p . c, j·谢弗,j . n . Onuchic j·a·亚当斯和p·a·詹宁斯。一个新颖的二硫键的SH2域c端Src激酶控制催化活性。j·摩尔,杂志。365、1460 - 1468、2007。

2005年

[3]p c .美国华福,g·d·j .费城人队。增强septahedral订购在寒冷Lennard-Jones液体。理论物理。启E72、021203、2005。

[2]p c .美国华福,g·d·j .费城人队。对于订单,不同静态长度尺度和局部结构形成冷Lennard-Jones液体。j .化学。理论物理。122、044508、2005。

2003年

[1]g·d·j .费城人队,r·奥康奈尔p .美国华福,k . a . Streletzky。模式结构的扩散运输hydroxypropylcellulose:水。j .化学。理论物理。119、9903 - 9913、2003。


评论文章

[7]a·哈桑·s . Byju p c .美国华福。在核糖体亚基旋转的能量。Biophys。牧师。2021年。手稿

[6]m .利未,j·k·诺埃尔,p . c .美国华福。研究核糖体与简化的动力学模型。方法2019年。手稿

[5]p c .美国华福。核糖体的能源格局:从计算最近的见解。Biophys。牧师。7,301 - 310年,2015年。DOI:10.1007 / s12551 - 014 - 0155 - 1

[4]p c .美国华福^ j . n . Onuchic ^。蛋白质折叠教我们什么生物功能和分子机器。咕咕叫。当今。结构体。医学杂志30日,57 - 62,2015。

[3]j·k·诺埃尔,p . c .美国华福^。如何模拟揭示动态、障碍和生物分子的能量景观功能。以色列j .化学DOI: 10.1002 / ijch。201400018,2014。

[2]p c .美国华福刘贤美Sanbonmastu, j . n . Onuchic。生物分子动力学:有序无序转变和能源景观。众议员掠夺。理论物理75、076601、2012。

[1]r·j·奥利维拉p c .美国华福j .夏英v b·p·雷特和j·王。协调和与时间有关的扩散动力学在蛋白质折叠。方法52,91 - 98年,2010年。


评论

[3]p c .美国华福。概述的生物分子协会和动力学会议20 IUPAB国会SBBF 45巴西国会,SBBq 50年会。Biophys。牧师手稿

[2]p c .美国华福。障碍指导蛋白质功能。Proc, Nat。学会科学。美国110、7114 - 7115、2013。手稿

[1]p c .美国华福j . n . Onuchic和p·g . Wolynes。能源格局以及酶促反应轨迹:铰链或裂缝吗?HFSP J。2、61 - 64年,2008年。


教育

[1]f . c . Freitas Byju, a·哈桑·r·j·奥利维拉,p . c .美国华福。量化生物分子扩散使用“球形奶牛”模式。美国物理学杂志》,2022年。手稿


的角度来看

[1]k .阮p c .美国华福。挑战在描述核糖体动力学。理论物理。医学杂志。14、023001、2017。手稿


书的章节

[6]p c .美国华福、精力充沛和结构大分子组件的属性。从分子和细胞过程的物理Eds。Krastan Blagoev和赫伯特·莱文。2022

[5]p c .美国华福j . n . Onuchic探测生物分子折叠的能源景观和功能。从分子和细胞过程的物理Eds。Krastan Blagoev和赫伯特·莱文。2022

[4]m·列维·Bandarkar h·杨,a . Wang莫汉蒂,j·k·诺埃尔,p . c .美国华福。使用烟雾2来模拟复杂的生物分子组装。分子生物学方法。Eds。诺阿Bononi和卡洛Camilloni》2019

[3]刘贤Sanbonmatsu, s c·布兰查德和p . c .美国华福。核糖体的分子动力学模拟。生物物理方法转化基因表达的控制。2012年。ISBN: 978-1-4614-3990-5

[2]p c .美国华福r·b·奥特曼p . Geggier d·特里,j·b·芒罗j . n . Onuchic c . m . t . Spahn刘贤美Sanbonmatsu, s·c·布兰查德。24章动态视图的核糖体功能:能源景观和集合体。核糖体:结构、功能和动态。2011年。ISBN: 978-3-7091-0214-5。

[1]刘贤Sanbonmatsu, s c·布兰查德和p . c .美国华福。第四章:信息处理的纳米机器:解码的核糖体。分子机器。2011年。ISBN-13: 978 - 98143442