为了增加集团采用的计算方法的可访问性,我们提供支持的开源软件,允许生物分子系统的模拟和分析。
SMOG-SERVER, SMOG2 OpenSMOG
Noel-Onuchic-Whitford一类基于结构模型是可用的smog-server.org。smog-server既有一个web界面(烟雾1),以及一个更通用的独立版本(烟雾2,强烈推荐)和一个接口,用于OpenMM(称为OpenSMOG)。如果你发现这些工具是有限的,让我们知道。所有工具可能通过smog-server访问页面。我们不断扩大提供的支持,以帮助研究人员解决最具挑战性的生物物理问题。
核糖体的角度分解(RADtool)和工具
核糖体分析数据库
我们一直非常感兴趣发展系统化的措施在核糖体亚基旋转。为了明确定义任何刚体旋转和翻译,我们用欧拉角。这种方法提供了一个完整的描述任何核糖体亚基。因为计算刚体旋转可能非常复杂,我们准备好的VMD插件(称为RADtool)计算倾角,倾斜方向和旋转角度为30年代的头部和身体,给定一个PDB结构。RADtool可以分析本质上是核糖体的结构,以及生成可视化的任意两个核糖体结构的比较分析。来演示这个软件的力量,它是用来驱动核糖体分析数据库,它提供了一种核糖体结构的完整列表(超过1800结构,2022年6月),连同取向描述符。访问数据库,或使用该工具,看到核糖体分析数据库页面。