NIH的形象是一个公共领域项目的Macintosh II进行数字图像处理和分析由韦恩Rasband镍氢。它可以获取、显示、编辑、提高分析、打印和动画图像。皮克特人,它读取和写入TIFF和MacPaint文件,提供与其他麦金塔应用程序兼容性。它支持许多标准图像处理功能,包括直方图均衡化,对比度增强,密度分析、平滑、锐化、边缘检测和降噪。与用户定义的内核空间曲线玲珑,63 x63,也支持。
图像可以用来测量区域,平均密度,重心和方向角的一个用户定义的区域。它还可以使用执行自动颗粒分析和测量路径长度和角度。测量结果可以打印,导出到文本文件或复制到剪贴板。结果还可以校准提供真实世界的价值观。
它提供了MacPaint-like编辑颜色和灰度图像,包括能够绘制线条、矩形、椭圆和文本。它可以翻转、旋转、反转和规模的选择。它支持多个窗口和8水平的放大。所有的编辑、过滤和测量功能在任何程度的放大,可撤销的操作。它使用数字半色调印刷图像PostScript打印机和Floyd-Steinberg犹豫不决non-PostScript打印机上打印。端口数据翻译QuickCapture卡或接穗图像捕获2卡数字化图像使用电视摄像机。
获得的图像可以shadingcorrected和帧平均。
为完整的操作、图像需要一个Mac II (x,残雪,ci)至少2 mb的内存,但4字节,或者更多,建议做动画,同时显示超过一小部分图片,或MultiFinder下运行。NIH图像还需要一个8位显卡能够显示256种颜色或灰度的颜色。
ColorImage是NIH的1.60版本的增强图像的程序。添加对彩色图像分割的过程,从录像逐帧运动分析的视频接口,支持Varispec可调滤波器。记住,这个程序有广泛的内存需求。它将工作在最小的图像1.5兆字节但真的需要至少3。
图像分割是由两个新菜单,颜色和RGB颜色菜单栏的右边。唯一改变内部代码的形象窗口,现在有一个白色内缟的权利,新颜色直方图显示对相机和一些轻微的修改包括采集模块的RGB图像。当基于8位附近地区的分割算法在操作,白色条纹的窗口将包含横向黑色条纹,表示图像像素分割。同时我们已经修改Rasband直方图显示像素的颜色查找表的频率。这个显示是判定是否有用的色调使用阈值分割将在一个8位ColorImage工作。
我们的分割算法的目标是在生物图像对象的量化分析通常在三个阶段如上面图中所示:
(1)一代的彩色图像。ColorImage旨在获取图像从RGB视频来源。一分之一使用Create RGB文件或创建平均RGB文件操作顺序获得红色,绿色和蓝色飞机从RGB源文件,然后会读成ColorImage RGB文件。得到RGB文件会打开文件由其他程序只要叫File_Spec /红色,File_Spec /绿色,File_Spec /蓝色,等等。选择使复合RGB图像程序将创建一个32 x32x32 RGB附近地区,一个8位索引颜色附近地区和索引复合彩色图像。
(2)从ColorImages分割的对象。目前我们支持两个级别的分类。一个运作的8位CLUT索引合成图像,另经营低5位的红色,绿色和蓝色组成部分RGB图像。后者的分析需要一个源和一个8位RGB抓帧器之间可以交换R, G, B飞机或红色,绿色和蓝色文件生成的源。这个分析的结果是生成一个二进制图像中的像素分割类是黑色白色和其他图像。RGB区域分割算法目前代表不同阶层的部分在不同的“平均”颜色但这些可以转化为二进制文件,下面描述的RGB阈值过程。
(3)个人区域对象的分割和量化。我们最初支持这个函数在之前的项目(ImageSegmenter)作为变异Papert龟的边缘跟踪算法和Rasband合并了这个函数的身体形象的“魔杖”和“分析粒子”工具,操作点而不是图像像素。版本1.60现在支持自动分割的不同对象和处理边缘约束对象,内部孔等。
添加菜单内的功能如下:
栈的菜单
彩色图像NIH的底部添加了四个函数图像栈菜单。
这个函数允许颗粒流的可视化演示了在上面的GIF动画电影和加工转移证明(参见Breithaupt Ayers, 1997;1997)。进行粒子跟踪。盐水虾鸡蛋等小颗粒悬浮在水中列。感兴趣的领域进行照明平面的亮光在焦平面,这样当粒子进入这个平面illumnated明亮起来。如果一个电影,粒子追踪到个人帧。粒子跟踪功能是平均帧的增强功能。它能够识别最亮的每个像素值在每个堆栈帧的电影。在移动粒子存在出现作为字符串的珠子(见右面板上)。如果一个点击每个粒子图像的叠加的电影,一个可以确定粒子的速度和运动方向。
这个函数是非常有用的清理视频图像从索尼收购了甲板的暂停模式。暂停模式图像仅由奇怪的视频领域。这个过滤器执行甚至电场线的线性插值的中值滤波。堆栈,这个函数顺序步骤通过电影的所有帧和执行上述甚至场插值。
控制菜单
交互式VideoTape-Based采集和控制
ColorImage还支持通过互动视频磁带控制运动分析。这允许在实验室分析的数据记录在现场与摄像机或磁带甲板我们一直相当成功导入索尼High-8录音机和摄像机的图像。电动汽车- 9000记录器允许收购从显微镜可互换镜头相机允许收购,但有一个别名视频信号在暂停模式。CCD-V5000摄像机支持数字帧缓冲区提供完整的NTSC帧在暂停模式和功能的内部时间基本正确,提供优秀的抓帧器同步。CCD-V5000和索尼VideoDecks特性时基校正显然是选择的设备当帧采集必须暂停执行模式和CCD-V5000可以从相机可互换的镜片在录像机用于记录模式。
我们综合了录像控制工具箱的开发人员可用VideoToolkit(Vidionics 1(800) 338 -编辑)两个目录录像带以及控制视频从ColorImage甲板。视频工具包包含一个Hypercard堆栈,可以用于索引磁带以及电缆互联的Mac串口Control-L (LANC)和控制端口的索尼甲板。使用这个接口,您需要从Videonics购买电缆。录像控制工具箱实现直接接口的Mac串口Control-L和控制编辑控制器接口的索尼甲板和摄像机。此外,tookit实现SIMPTE时间码阅读器更精确同步。ColorImage通过Control-L支持两个对话框,允许控制和控制端口支持索尼编辑控制器。
Control-L接口是双向的,能够传输控制命令从应用程序到甲板以及接收状态和计数器信息从甲板上。控制接口的实现允许控制播放,停止,记录,快进,快退模式以及暂停和单帧从暂停向前和向后运动。三个主要的对话框允许选择计数器/定时器格式使用索尼甲板。对话框报告甲板,甲板计数器值和当前状态持续的对话框还支持交互式搜索数据段在特定时间或计数器值(Control-L对话框如下图所示)
年代港磁带控制器
控制接口是一个单向接口,允许应用程序将控制命令发送到甲板上。控制设备可以菊花链和两三个不同的设备可以控制通过相同的端口。控制接口的实现允许控制播放,停止,记录,快进,快退模式以及暂停和单帧从暂停向前和向后运动。对话框允许选择三种设备的控制。控制对话框中所示。
Dynomeasure�
在建设中
Dynomeasure�实现一组算法为基于时间的分析对象参数从电影。这些函数生成专门的显示列表或文件所选的参数一样,第一列是帧时间和后续列测量参数在每个帧的电影。特性的功能特性听觉提示获得从每个帧的电影。这些文件对于时间序列的运动(如很有用。关节角与时间,粒子的增长,改变形状,等等)。不同形式的分析从以下选择对话框。
我们使用一个商业产品VideoToolkit�指数和聚集行为和electorphysiological数据的录像带。视频工具包�编目和访问视频磁带具有广泛的功能,但也使用Mac串口控制甲板所以不能与ColorImage同时使用。我们已经添加了一个模块ColorImage,允许它读取录像日志创建的VideoToolkit�。的Clipfinder窗口上方显示日志是什么样子当ColorImage读入。如果一个点击一个剪辑的名字,它是强调和剪辑信息显示在窗口的底部。如果一个双点击高亮显示的名字上面描述的自动搜索faciity控制对话框,搜索出使电影的剪辑,队列特性。
VideoTape-Based电影
步进电影
这个函数允许一个数字化的序列图像从录像逐帧的基础上。感兴趣的用户暂停帧上的甲板和选择一个地区数字化。程序请求帧的数量被数字化(有限只有空闲CPU内存)和视频帧的数量在每个获得帧之间跳跃。然后程序打开一个新窗口适当的维度,抓住一个框架,然后打开一个新窗口,甲板上进步到下一帧,重复这个过程直到获得指定的帧数。这个函数只适用与CCD-V5000摄像机在暂停输出一个完整的框架模式。如果字段电影框检查算法执行甚至场插值和中值滤波之前每个后续帧。
感人的电影
该算法类似于Rasband使电影功能,除了它允许时间从一个移动的录像。利用这个函数一个停顿的甲板上框架的兴趣和选择一个地区数字化。程序请求帧的数量被数字化(只有空闲CPU内存的限制),并且每个获得帧之间的时间间隔(秒)。程序然后打开一组新的windows适当的维度,倒带录音和播放模式的地方,然后等待一个触发器。视频采集的周期可以触发两种时尚。项目调查方法的选择,如果选择计数器值投票计数器的值。标准的时尚是玩直到Control-L接口接收请求的计数器值。我们已经测试了这个SIMPTE编码的磁带,发现它是精确到2视频帧。更accurrate同步的方法是配音的声音突然在一个模拟通道的磁带。该方法选择时,A / D转换器样本音频通道,直到检测到破灭之后发起收购500微秒。 delay. Once the acquisition cycle is initiated the frame grabber acquires frames at the specified interval (up to 20/sec for small selections) until the appropirate number of frames is acquired. The algorithm then places the deck in pause mode.
立体声模拟收购
我们最近增加了模块ColorImage允许收购立体声模拟信息暂时syncronized与相应的数字电影。我们使用这个功能直接相关电生理和electro-myographic录音动物行为的运动学分析。支持模拟采集与瓦仪器MacAdios II董事会通过Turbodrivers库。使用这些例程必须连接的左通道视频甲板A0in通道跑火的连接器和右通道的A1in通道跑火的连接器。
移动模拟获得
这个过程是音频相当于移动High-8电影程序和操作非常类似的方式。程序请求视频的名称,一个输出文件规范,获得样品的时间,一个采样间隔(µsec),触发执行的类型和一个可选的计数器值。程序然后打开一组新的windows适当的维度,倒带,胶带,打开“数字示波器”窗口中,将在播放模式下甲板,然后等待触发器发起收购。获得的数据绘制、新、改建和注释。
设置MacAdios槽
defalut槽设置MacAdios板槽5。这个过程可以让一个更改默认。我们将很快superscede自动槽仪。
改变抓帧器
ColorImage支持三种框架的吸引力,DataTranslation QuickCapture抓帧器,RasterOps 24 stv抓帧器和任何QuicktimeVDIG。这个菜单选择将启动一个对话框,你可以在它们之间切换,如果你有不止一个安装在你的机器上。
Varispec滤波器控制器
在建设中
扫描光谱
在建设中
光谱的电影
在建设中
光谱的ROI
在建设中
从一个视频源图像颜色信息输入用户可以使用数据翻译8位抓帧器只有在被连接到一个RGB来源。用户必须把RGB源这样红色的# 1的输入输出连接到QuickCapture卡,绿色的输出连接到蓝色# 0输入和输出连接到# 2输入。ColorImage不支持彩色图像采集的接穗董事会。彩色文件可以收购和合并下如下所示抓住RGB颜色选择和合并。
以下算法需要一个RGB视频源和/或文件分开数字化红色,绿色和蓝色的飞机的RGB来源。
使复合RGB图像
这个过程链接的红色、绿色和蓝色的颜色分割的文件。如果三个RGB文件已经打开的顺序红、绿、蓝色,这个函数将创建一个3 d 32 x32x32 RGB CLUT以及一个8位CLUT由几个衍生品的平均削减算法和生成一个8位索引颜色显示的像素映射在一个窗口标题为“索引颜色”。索引颜色窗口主题为8位CLUT细分控制菜单的选择。一定要将该文件保存到磁盘之前任何分割算法。
3 d RGB CLUT的目的是允许在RGB空间自适应基于区域的分割。3 d RGB CLUT可以显示使用视图RGB附近地区选择下面描述而RGB像素频率直方图可以显示使用视图RGB直方图的选择。
重塑复合RGB图像
这个命令将生成一个新的3 d RGB CLUT和索引合成图像的基础上,设置在设置窗口中选择。
打开新的RGB颜色部分
RGB分割将图像分解为包含像素颜色的RGB颜色段给定对象类的特征。这个命令开始一段新颜色的编译和切换多个颜色段在随机访问的基础上。
添加到RGB颜色部分
颜色部分是由选择的区域像素的“行军蚂蚁”选择工具。当添加到RGB颜色段函数被选中时,像素的颜色被添加到当前选中的区域颜色直方图。
减去部分
当减去部分函数被选中时,当前选中的区域的像素颜色消除当前选中的颜色直方图。
减去从其他部分
当减去其他段函数被选中时,当前选中的区域的像素的颜色是消除所有颜色的RGB直方图段。
RGB颜色分割
这个函数生成一个新窗口的像素在不同的RGB颜色段分段并显示在他们的平均颜色。在此显示,模棱两可的像素,即像素是不止一个类的成员显示在明亮的红色,虽然我们可能会激活这些像素在未来版本。
重置窗口作业
这个函数重置RGB颜色直方图,允许进一步细分。,额外的图片,等。它必须被称为每次红、绿、蓝图片组成一组颜色改变。不这样做将导致不可预知的结果。
RGB附近地区直方图
ColorImage支持两种形式的3 d图像的RGB hitograms类数据和区域分割的数据。他们不会使用8位索引彩色图像和颜色需要数据三个文件的形式,代表红色,绿色和蓝色的飞机RGB来源。至于代复合索引文件,他们必须打开的顺序,依次出现在窗口菜单。
生成的直方图是一块红色的值(x轴)和绿色值(y轴)分成32片提升蓝色值进步沿着行从右上角的左下角。上的颜色是分段低5位的颜色数据有32代表三个平面的水平。
视图三维颜色附近地区
这个过程生成一个RGB直方图的RGB盒子用来生成8位CLUT。每个箱子显示的像素值表示的用于实际的颜色。子菜单选择将允许用户查看他们的平均颜色的RGB颜色段在RGB空间中。
观点3 d RGB直方图
这个函数生成一个RGB图像像素的直方图。是用于确定RGB阈值分割将特定形象和建立3 d RGB颜色类的形态。
Binarize RGB颜色部分
这个模块生成一个二进制图像的RGB颜色段二进制操作,blob量化等。
颜色菜单支持分割和一代的关键分割图像从任何颜色索引文件。它还允许将分割图像保存为MacPaint风格位图压缩并允许他们直接进口到大多数文字处理器。
CLUT段年代
ColorImage支持从索引对象的分割彩色图像集的基础上从8位颜色查找表的条目(附近地区)。窗口已被修改的图像来表示所选条目的黑条的右边每个条目。选中的部分可以被多种构造迭代分割算法支持8位色下窗口。等文件RGB阈值和区域分割的分割工作还可以。视频菜单下的排序调色板功能将允许阈值的基础上,色调,饱和度和亮度比ColorImage文件生成的其他来源。
下面的算法工作8位索引颜色文件只!
添加阈值CLUT段
这个程序创建一个二进制图像的图像像素灰度值的指定范围内的或颜色附近地区条目。程序的功能类似于Rasbands二进制操作但包含blob CLUT颜色量化所需的逻辑部分。灰度值的范围通常是选择阈值从选项菜单中选择。使用该算法首先选择像素值的范围与CLUT工具在颜色窗口,然后选择添加阈值CLUT段从颜色菜单。算法然后创建一个分段二进制图像的所有像素的范围内。如果CLUT彩色图像的分类的基础上,色调,强度或像素频率,阈值可以使用位图分割段这些特性的基础上。
减去阈值CLUT段
该算法允许用户从CLUT减去CLUT值的范围。它的反面是添加阈值CLUT段。它要求阈值操作,生成一个二进制图像的合成CLUT段
添加RGB集群段
该算法创建一个二进制图像的图像像素属于一个RGB立方体在RGB空间中,围绕所选的颜色。先用它选择一个像素的颜色图像使用吸管工具。用户选择的颜色将会出现在工具面板上的画笔图标。如果用户从颜色菜单中选择RGB阈值分割,他们将看到一个对话框,请求一个RGB半径。这是一个在RGB空间距离(0到64000的R, G, B飞机)在像素将被选中分割。例如,如果用户选择一个颜色RGB,该算法将与R值在±RGB段像素半径,G±RGB半径和B±RGB半径。算法然后创建一个分段二进制图像的所有像素属于RGB立方体。
增加地区CLUT段
许多生物图像中的对象用不同颜色表示。例如,海绵的形象可能是由橙色、褐色、黄色和绿色像素。地区图分割允许一个获得异构颜色集和段的基础上。这个工具使用套索工具选择的像素。算法将选择CLUT颜色是在选定的地区和部分的二进制图像图像像素与相应的值。小心在选择区域包含极暗(黑)作为这些存在于大多数对象像素。用户最好选择区域包含像素出现的对象分割。
减去地区CLUT段
地区差异细分允许用户指定一个区域的像素将被排除在段。由此产生的二进制映像将排除选择附近地区选定的输入像素。这个选择是用于消除“模棱两可”像素是常见的两个对象在一个图像。
重置CLUT段
这个函数清除当前选中的条目CLUT段。
ColorImage开发使用索尼ProMavica (mvr - 5500)电子仍然录像机/播放器以及索尼xc - 711相机CCD RGB颜色RGB来源。xc - 711有一个广泛的波长(~ 475 - 625 nm)的至少两个来源回应相同的像素赋予它优秀的颜色那capabiliities。ProMavica的优点是它允许一个人使用NTSC视频作为源和外部同步功能。这两种来源的工作与数据转换和接穗抓帧器板。
MAC IIfx用户
把IIfx串行转换到你的系统文件夹,把IIfx兼容模式所以它认为SCC芯片就是索尼命令锤。
国家卫生研究院的形象
咨询美国国立卫生研究院形象V1.59手册的描述基本功能的版本,在这个版本的ColorImage形象。图像是由韦恩Rasband,国家卫生研究院我国36岁,房间2 a-03,马里兰州贝塞斯达20892。(wsr@nihcu.bitnet)和当前版本的NIH形象,ColorImage和其他版本的图像可通过匿名FTP NIMH公告板(alw.nih.gov 128.231.128.251子目录/酒吧/图像)以及MacSciTech公告板(RA.NRL.NAVY。密尔在子目录/ MacSciTech)。
引用
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(去年改变了9/20/2000页)