康涅狄格州的工具箱

康涅狄格州是一个Matlab / SPM-based跨平台的开源软件的计算、显示和分析的功能连接磁共振成像(fcMRI)。康涅狄格州是用来分析静息状态数据(rsfMRI)以及任务相关的设计。康涅狄格州的处理和分析步骤包括:

1)进口日本、分析和NIfTI功能和解剖文件

2)预处理的功能和解剖卷(例如SPM8 / SPM12调整,slice-timing修正,异常识别、coregistration、分割、归一化、平滑)

3)控制残余生理和运动构件(如擦洗、aCompCor、ica去噪,全球回归)

4)综合质量控制程序和措施(例如FC直方图情节,大胆的信号地毯情节,Framewise位移,GCOR措施,FC-QC相关性)

5)多个连通性分析和措施,包括Seed-Based相关性(SBC) ROI-to-ROI分析、复杂网络分析、广义Psycho-Physiological交互模型(gPPI),独立分量分析(group-ICA),蒙面ICA,低频波动幅度(ALFF & fALFF),内在连接(ICC),当地的同质性(LCOR),全球(GCOR)的相关性,Multivoxel模式分析(MVPA)和动态连通性分析(dyn-ICA、滑动窗口相关性)

6)组织和群体的推论和模型,包括方差分析、回归,纵向,实验和混合中,主客体之间的设计。控制多个比较使用参数和非参数排列/随机化技术

使用时在一个分布式集群、HPC或多处理器环境康涅狄格州可以自动并行化中最耗时的步骤fcMRI处理管道,在最短时间内允许的分析对象。康涅狄格州可以通过一个用户友好的GUI,完全控制或通过批处理脚本/命令如果优先。

开发工具箱Matlab,是分布式既是Matlab源代码作为一个预先编译的可执行文件(独立版本,不需要Matlab装置或者许可证)。

安装手册,请访问https://www.nitrc.org/projects/conn

找到关于康涅狄格州车间:https://sites.google.com/view/conn/workshops

引用

艺术

工件检测工具

ARifact检测工具(艺术)软件包提供了一组工具,促进在fMRI异常值时间序列的识别,可能反映工件和提供了诊断工具,协助相应的设计规范和模型估计。具体地说,它提供了:

1)全球平均强度和运动的自动和手动检测异常值的功能磁共振成像数据,可以省略后续统计分析、插值或减量后的漠视;

2)方法来诊断stimulus-correlated运动的程度,以确定是否在漠视,包括运动混淆;

3)方法确定任务相关性与全球大脑信号,为了决定在全球扩展选项;

4)叠加实验设计的视觉检查时间序列;和

5)计算功率谱的实验范式,以及运动,为了让用户选择一个适当的高通滤波器不过滤与任务相关的频率。

安装和操作手册,请访问https://www.nitrc.org/projects/artifact_detect

参考

  • Whitfield-Gabrieli年代。Ghosh S。,Nieto-Castanon A., Gollub R.L., Artifact Detection, Rejection and Quality Assurance of fMRI Data Increase Accuracy in Task Activation and Functional Connectivity Studies (In Revision).

雷克斯

的雷克斯工具是用来扩展这些功能允许有效提取图像从单像素点值和时间序列,体素的集群,集群集合。除了数据提取,雷克斯工具执行基于ROI的分析功能数据补充SPM分布分析。

虽然雷克斯是位工具箱的一部分,它是一个单一MATLAB文件,分别可以安装和使用。它提供的功能来提取图像数据从一个图像文件或多个卷如时间序列图像。提取体积可以是一个ROI或空间不相交的ROI的集合。雷克斯允许广泛的灵活性的形式提取的数据,因为它可以返回一个值的体元,单个集群的体素或一组不相交的集群。提供了各种选项以生成从集群的体素包括描述性统计的意思是,中位数,voxel-weighted的意思是,和一个或多个eigenvariates。允许检查实验效果以百分比为单位信号变化,结果提取值可以扩大对全球大脑意味着,或集群时间序列的意思。

安装手册,请访问https://www.nitrc.org/projects/rex/