数据分析

免费*软件

ImageJ

• https://imagej.nih.gov/ij/
• 免费的,基于java的图像处理工具发达国家卫生研究院和大学之间的合作。威斯康辛基本图像可视化和分析,包括数据缩放、分割、三维体绘制…
• 斐济https://fiji.sc/“准备好了”束ImageJ插件专注于生命科学和友好的用户界面的应用程序

细胞分析器

• https://cellprofiler.org/releases/
• 用户友好的基于matlab工具来分析和细胞进行批处理的用一个简单的“指点”的方法,将模块组装成一个管道和选项。
• 主要特点:图像加载,照明的均匀化、对象识别和测量对象。
• 车间:https://www.youtube.com/watch?v=OgyfbJOMr70

QuPath

• https://qupath.github.io/
• 免费、开源的桌面应用程序设计的横堤(女王大学)整个幻灯片图像分析,肿瘤生物标志物分析,包含IHC量化和分析)
• 车间:qupath斐济用户https://www.youtube.com/watch?v=xW2Ya205nvo

轨道

• https://www.orbit.bio/
• 免费的,整个幻灯片图像量化的开源工具。它接受图像Omero环境(打开显微镜图片服务器)。关键特性包括对象/细胞分割、对象分类和机器学习算法的实现。

Bioconductor-R

• https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/EBImage.html
• 免费EBimage软件进行图像处理和分析部分细胞和提取细胞定量描述符
• 建在R编程语言,用户知识R可以开发先进的可视化方法,信号处理、统计建模和机器学习的实现。

Arivis 4 d * *

• https://www.arivis.com/
• 免费cil用户* *
• 显微镜图像数据可视化平台,提高数据的可访问性的功能先进的工作流:高含量筛查、图像注释,远程图像分析。cil用户访问
• 突出特点:分割工具,能够从三维数据集通过导入关键帧生成的电影

伊万里瓷器

• https://imaris.oxinst.com/big-data3 d和4 d实时交互式数据可视化、分析、缝合和反褶积的平台
• 伊万里瓷器不是免费的,但是伊万里瓷器查看器是一个免费的3 d / 4 d显微镜图像查看器查看原始图像在伊万里瓷器以及分析。

Napari

• https://napari.org/stable/
• Python对多维图像查看器大图像分析(注释,您可以浏览和分析)

Cellpose

• https://www.cellpose.org/
• 通才细胞分割算法通过人工智能算法,可以在网上进行测试

GliaMorph

• 模块化的神经胶质细胞形态定量图像分析工具箱,为模块化应用程序实现为斐济宏
• 用途:测量星形胶质细胞长度…
• https://github.com/ElisabethKugler/GliaMorph
• https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.05.490765v1

• Ilastik
  • https://www.ilastik.org/download.html
  • 用户友好的开源工具,图像分割和分类(2 d、3 d和4 d)
  • 应用包括细胞分割、分类、跟踪和计数
• 冰冷的
  • http://icy.bioimageanalysis.org/download/
  • France-BioImaging和巴斯德研究所开发的开源工具可视化,注释,bioimaging数据的量化。它使算法的发展更多的提前考试。

Aqua软件

• http://icy.bioimageanalysis.org/download/
• 量化的异构,繁殖的,和/或不规则的荧光动力学(裁判),具体分析每个像素的强度波动,因此除了量化评估纳米传感器响应时间计算空间传播的跨神经节的荧光信号。克拉克实验室/莫纳亨实验室在PNAS

付费软件

阿米拉

• https://en.wikipedia.org/wiki/Amira_(软件)
• 由热科学,它是一个全面的工具,可视化和分析2 d-5d光学,CT和MRI图像

Arivis 4 d * *

• https://www.arivis.com/
• 免费cil用户* *
• 显微镜图像数据可视化平台,提高数据的可访问性的功能先进的工作流:高含量筛查、图像注释,远程图像分析。cil用户访问
• 突出特点:分割工具,能够从三维数据集通过导入关键帧生成的电影

免费*软件

ParaVision软件

• 包括在核磁共振成像扫描仪,cil免费用户*,由力量
• 特点:
  • 图像分析和计算的参数映射:T1, T2,质子密度、最大/最小强度预测,ADC,扩散张量,
  • 图像处理和后处理:缝合、融合、三维体绘制…
• 有效输入:图像获得相同的Paravision或以上版本(目前安装在扫描仪:Paravision 360.1.1和Paravision 360.2.0.pl.1)
• 输出:原始力量数据(2 dseq),漂亮的(.nii),日本(.dcm)

MATLAB

• 免费的MATLAB学术许可,东北的学生*
• User-developed代码所需的图像分析
• 请联系cil如果你需要援助的发展MATLAB算法对核磁共振数据分析

段Mediviso

• • https://medviso.com/segment/
  • 研究目的免费*,包括分析MRI、CT和SPECT心脏图像。
  • 主要特点:左心室和右心室容量分析,流动特性,王仁贵量化(包括T1, T2, T2 *, ECV分析),3 d测量,融合方法,ROI和信号强度分析等。
    

Python

• • • https://www.python.org/about/
    • User-developed代码所需的图像分析。开放获取资源
      • https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fninf.2020.00024/full
      • https://github.com/topics/preclinical-imaging
      • https://www.youtube.com/watch?v=gMuxB18Cr0o(视频教程)

    3 d切片机

    • https://slicer.org/
    • 使日本,nifti(和其他人)的可视化图像以及后处理。一些功能包括:图像分割,体绘制,特征提取,图像配准、图像缝合…多个模块可以开发或引进更先进的云的分析。
    • 核磁共振分析更多的信息中包含3 d切片机http://dmri.slicer.org/

    ImageJ

    • https://imagej.nih.gov/ij/
    • 基于java的图像处理工具发达国家卫生研究院和大学之间的合作。威斯康辛基本图像可视化和分析,包括数据缩放、分割、三维体绘制…
    • 核磁共振分析可以通过进口核磁共振插件
    • 注:ImageJ不处理力量原始数据格式(2 dseq fid),需要额外的步骤https://imagej.nih.gov/ij/plugins/mri-file-manager/index.html

付费软件

阿米拉

• • https://en.wikipedia.org/wiki/Amira_(软件)由热科学,它是一个全面的工具,可视化和分析2 d-5d光学,CT和MRI图像

• 与获得Vevolab Visualsonics用户https://www.visualsonics.com/product/software/vevo-lab
  • 心血管分析-主要特点:自动功能和结构LV分析,灌注动力学定量评估、全球和区域墙LV评估、壁厚的评估。其他包特别设计用于肿瘤学、神经生物学和分子成像的应用程序。
  • 额外的数据管理和处理平台,兼容Vevolab软件https://www.visualsonics.com/product/software/visualsonics-ipacs
• 资源
  • 全面审查的技术和应用程序https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphy.2020.00124/full

5.1数据存储

核心设施并不能保证的安全或存储任何数据保存在工作站或OMERO云存储。

是用户的责任使他或她的永久副本数据完成后,一个会话。工作站有临时存储会话期间提供给用户保存数据;然而,在完成一个会话、数据必须传输的工作站使用以下方法之一:

云存储:用户可以使用任何可用的云存储服务。每个工作站都连接到互联网的高速数据传输。

OMERO:内部用户可能使用OMERO,大学提供的云存储服务的临时存储。用户需要设置一个帐户之前,数据可能被转移。核心设备人员可以协助用户如何设置一个帐户和他们的数据转移到OMERO。

由于病毒转移的威胁,禁止用户连接USB驱动器或其他便携式存储设备任何工作站。下载的程序或文件工作站是被禁止的。

请承认cil核心设施和东北大学raybet雷竞技雷竞技app最新版在仪器的任何出版物或授予应用程序,知识/技能或数据帮助支持研究活动。我们建议以下文本的鸣谢部分在你的论文:“我们感谢生活研究所化学成像系统(RRID: SCR_022681)东北大学咨询和成像技术支持”。raybet雷竞技雷竞技app最新版

cil核心设施的员工愿意听到任何拨款申请或论文发表。